一般来说，非上市公司股权激励的持股方式分为直接持股和间接持股两大类，直接持股即由激励对象直接持有公司的股权；间接持股则是激励对象通过持有持股平台的份额或股权，间接持有实行股权激励计划的企业的股权。持股平台可设立有限责任公司、有限合伙企业两种，在实践中有限合伙企业作为持股平台的做法最为普遍。就非上市公司而言，股权激励的纳税节点主要分为“激励对象取得激励股权”、“激励对象持有激励股权期间获得股息分红”以及“激励对象转让激励股权”。在不同的持股方式下，不同纳税节点时，激励对象需承担的纳税义务不同。
若通过有限责任公司持股，则存在双重征税的问题，实际税率是40%。具体分析如下：首先，持股平台转让持有的非上市公司股权，根据《企业所得税法》的规定，持股平台转让激励股权所得收益属于“转让财产收入”，应一次性计入确认收入的年度计算缴纳企业所得税，税率为25%。然后，对于激励对象转让持股平台股权所得收益，按照20%的税率缴纳个人所得税，具体计算方式为：25%+（1-25%）*20%=40%。
若通过有限合伙企业持股，根据《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》第四条以及《国家税务总局关于切实加强高收入者个人所得税征管的通知》的规定，激励对象应按照个人所得税“经营所得”的规定，适用5%-35%的超额累进税率计算缴纳个人所得税。由此可见，有限责任公司持股平台、有限合伙企业持股的平台税负压力均比自然人直接持股压力大，是否有解决方案呢？这就涉及到《关于完善股权激励和技术入股有关所得税政策的通知》（财税〔2016〕101号）的相关规定。根据财税〔2016〕101号第一条规定，非上市公司授予本公司员工的股票期权、股权期权、限制性股票和股权奖励，符合规定条件的，经向主管税务机关备案，可实行递延纳税政策，即员工在取得股权激励时可暂不纳税，递延至转让该股权时纳税；股权转让时，按照股权转让收入减除股权取得成本以及合理税费后的差额，适用“财产转让所得”项目，按照20%的税率计算缴纳个人所得税。递延纳税的适用条件：非上市公司实施股权激励，只有在同时满足以下七个条件时才可享受递延纳税政策
需要注意的是，通过持股平台间接持股的员工是否可以适用递延纳税政策有较大争议。首先，根据101号文规定的激励标的应为境内居民企业的“本公司股权”，严格来说应为直接持有的公司股份，那么在法规上实际上已经排除了以持股平台间接持股方式实行的股权激励来适用递延纳税政策。但是也有观点认为，设立持股平台的出发点往往是确保公司控制权和便于管理激励对象，如果持股平台不存在实质的经营业务，且符合101号文中的7个条件，本质上持股平台的公司员工也应当享受101号文的相关税收优惠。对“本公司股权”作从宽解释，将间接持股模式纳入递延纳税政策的覆盖范围内，更符合实际重于形式的原则。不同地区的税务实践也存在差异，除北京与重庆的税务主管机关明确禁止公司员工通过持股平台间接持有公司股份享受财税【2016】101号文中的相关税收优惠，也有少部分企业在IPO过程中通过持股平台完成了递延纳税备案，比如百奥泰（688177），润阳科技（300920），致远新能（300920）。在这个问题上，目前实务操作中尚存在不确定性，建议企业在制定股权激励计划时提前与当地的主管税务机构进行咨询与沟通。
